繁華街の片隅の小さな食堂。営業時間は夜の十二時から朝の七時頃まで。人呼んで「深夜食堂」。メニューは豚汁定食にビール、酒、焼酎、それだけ。あとは勝手に注文すれば、できるものならマスター（小林薫）が出してくれる。今夜も、小寿々（綾田俊樹）や忠さん（不破万作）たち、お馴染みの面々が、めしやで話に花を咲かせている。
ある日の夜、8年前に夫を亡くした歌手のかしまみさお（美保純）が、ひさしぶりに店にやってきた。夫の大好きだったマスターのメンチカツを食べたみさおは泣き崩れる。仕事上でもパートナーだった夫が作詞作曲した「何も言わないで」は、今でもみさおの代表曲として人の心に残っている。しかし、夫の死後みさおは人前で歌うことができず、家に籠っていたのだった。
そんな中、常連客である料理評論家の戸山（岩松了）の妻、清子（渡辺真起子）が入院する。病床の妻の願いは、みさおの「何も言わないで」を聴くことだった。妻のため、戸山はみさおにもう一度歌ってもらいたいと懇願する。

漫画編集者の宇野（ダンカン）が橋本ワタル（石田法嗣）を連れて店にやってきた。橋本は、宇野の担当する漫画雑誌の新人賞をとった漫画家の卵だ。宇野はマスター（小林薫）の豚バラトマト巻きを橋本にふるまう。
半年後、店で出会ったのりこ（椎名琴音）と同棲しながら、漫画を描き続けている橋本だったが、受賞後も連載デビューすることができず、まるでヒモのような生活を送っていた。宇野が豚バラトマト巻きを食べさせた新人は芽が出ないという因縁はほんとうなのか。橋本は徐々に自分を追いつめていく。

マスター（小林薫）のつくる里いもとイカの煮ものの匂いに誘われるようにやってきた二人、興信所に勤める「男前」の探偵、里見けい（石橋けい）とまだ頼りない研修生の佐々木守（淵上泰史）。二人は、店を出たあとで一夜をともにする。佐々木は大人の割り切りを知らず、けいに結婚を前提につきあってくれと言うが、けいはそれを軽くいなす。
社員になるための卒業試験として、けいの指示した浮気調査に取り組むこととなった佐々木。その調査対象である吉野純一郎（古舘寛治）を尾行する中で、思いもよらぬ事実を知ることとなる。里いもとイカのように相性がよく、どうしようもなく惹かれあってしまう男女….調査を進めながら、佐々木は「男」になっていく。

恋わずらいにかかった常連客の小道（宇野祥平）。その相手は店にときどき顔を見せるかすみ（谷村美月）だ。かすみは浪速娘であること以外、素性のわからない謎の女である。
ぞっこんな彼女に気に入られようと大阪名物を奢る小道だが、かすみはすげない対応。困った小道は、大阪から東京に進出してきたドラッグストアチェーンの社長、井出（荒谷清水）に助太刀を頼む。
二人と同席したかすみが天ぷらにしてほしいとマスター（小林薫）に頼んだのは、紅しょうがだった。紅しょうがの天ぷら、略して「紅天」。マスターも小道も知らなかったが、かすみと井出にとっては大阪で親しんだ庶民の味だった….

シングルマザーのミホ（辻香緒里）が、小学校の同級生であり親友のサユリ（粟田麗）を連れて店にやってくる。二人は小学校の同窓会の幹事をしていて、会では25年ぶりにタイムカプセルを掘り出すことになっている。マスター（小林薫）に春雨サラダを頼んだサユリ。ミホは小学校時代、春雨サラダが大好きで他人の分までもらっていたシガッチ（眞島秀和）のことを思い出すが、サユリが春雨サラダを好きな理由はまさにそのシガッチだった。
同窓会を機に再会した三人。掘り返されたタイムカプセルのように、明らかになるそれぞれの思い。ミホはサユリに独身のままでいたシガッチとつきあうことを薦めるのだが….

肌寒くなってきたある日、マスター（小林薫）はロールキャベツをあらかじめ多めに仕込んでいる。喜ぶ常連客たちだったが、新しくできた男、キミトシ（高橋周平）と店にきていたストリッパーのマリリン（安藤玉恵）だけは、「母親がロールキャベツを作る日は、男のところに出かける日だった」と気が乗らない。
その母、エリ（柴田理恵）が急に入院することになり、見舞うために福島の実家に戻るマリリン。しかし、エリの病状はたいしたことがなく、つきあっている男を紹介されるばかりか、「ダンサー」として患者仲間に紹介され、マリリンはショックをうける。
後日、マリリンの踊る新宿ニューアート前に、エリの姿が。エリには上手く伝えられなかった娘への思いがあり、ある優しい嘘をついていた。

土曜日の朝、平賀良男（ベンガル）と、その妻・みずえ（永島暎子）が店に朝食を食べにくるようになってからもうひと月くらいになる。穏やかにマスター（小林薫）のしじみ汁を飲む二人は微笑ましく映り、サヤ（平田薫）ら常連客の間でも仲の良い夫婦として話題にのぼる。
ある日、珍しく一人で店にやってきた良男。孫が生まれるために、みずえが広島の実家に戻ったようだ。ただ、その孫は良男の孫ではなく、過去の夫と血の繋がった孫である。良男はみずえにとって三番目の夫だった。マセていて色気のあるみずえに、同級生だった中学の頃から良男はずっと憧れてきたのだが、みずえの過去にはよくない噂もあった。
トラブルが続いたことで、みずえはなかなか東京に戻ってこない。徐々に疑念を募らせていく良男は、店で出会った囲碁の記録係の女性・勅使河原真梨子（作間ゆい）に惹かれはじめていく。

「きんぴらごぼうあるかしら？」颯爽とした印象の女、市川千鶴（つみきみほ）が店に入ってくる。驚いて目を見開く、常連客で地回りのヤクザ・ゲン（山中崇）。千鶴は、ゲンの高校時代の英語の教師であり、部活の顧問、そして憧れの女性だった。有頂天のゲンは、その晩千鶴と飲み明かし、千鶴に「愛してるぜー！」と叫ぶ。
千鶴は教師の仕事を辞めたあと、通訳の仕事でニューヨークに渡っていた。帰国は10年ぶりとなる。時間を惜しむように昔の仲間や世話になった人と会う千鶴。その理由をマスター（小林薫）にだけほのめかす。そんなことは知らず、千鶴との時間を待ちわびるゲン。高校を辞めて上京するときに千鶴が持たせてくれたきんぴらごぼうの味を思い出しながら、千鶴のために堅気の男になろうと誓っていた。

「俺がレバにらで」「あたしがにらレバです」刑事である野口（光石研）と夏木いずみ（篠原ゆき子）は、コンビを組んで事件にとりかかっているが、まるで前世はカタキ同士だったのではないかというぐらい、ソリがあわない。刑事という仕事への理解も、捜査手法も、何もかもが異なる二人は、ことあるごとにぶつかりあっている。
野口は、ある殺人事件で夫を失った未亡人・三上佐代子（阿部朋子）とその娘の相談にのっており、単なる同情以上の感情を佐代子に抱いていた。同僚たちは「ありゃ病気だな」と噂しており、これがはじめてではなさそうだ。それを知ったいずみはマスター（小林薫）に、野口とのコンビ解消をこぼすのだが….

今日は大晦日。マスター（小林薫）はいつもより早くに店を開ける。マスターの店で年を越したい常連客がいるからだ。忠さん（不破万作）、マリリン（安藤玉恵）、小道（宇野祥平）、金本（金子清文）、八郎（中山祐一朗）、そしてかすみ（谷村美月）やキミトシ（高橋周平）。常連客は次々と店にやってくる。年が変わるギリギリになって、ゲイバーで働く小寿々（綾田俊樹）とコウちゃん（吉見幸洋）も合流。みなで年越しそばをすする。
一方、食堂近くの交番では、野口（光石研）、いずみ（篠原ゆき子）、そして小暮（オダギリジョー）がマスターのうった年越しそばを食べながらともに過ごしていた。
皆で迎えた新年。お互いに挨拶しあう常連客たち。乾杯しようとしたそのとき、晴れ着姿のお茶漬けシスターズ（須藤理彩／小林麻子／吉本菜穂子）も飛び込んできた。
そして、ヤクザ者の竜（松重豊）、手下のゲン（山中崇）も現れる。竜は、餅つきの準備を済ませていた。盛り上がる一同。マスターの店で過ごす、かけがえのない時間は続く。